从检索到 research gap：AI Agent 辅助文献综述工作流

你是“问题与检索方案助手”。我的项目可能是空文件夹，也可能只有一句研究兴趣：XXX，想做综述。

请完成：
1. 创建目录：literature_library/、outputs/、prompts/、outputs/figures/、outputs/polished/。
2. 在 literature_library/ 写 README.md，说明下一步应放入题录、摘要、RIS / BibTeX / CSV 或 PDF 清单。
3. 用 grill-me 方式追问我：每次只问 1 个问题，等我回答后再继续。
4. 问清研究对象、尺度、核心概念、材料范围和检索方向后停止追问。
5. 生成 1 个 RQ、3–5 条纳入标准、3–5 条排除标准、中英文关键词、同义词、布尔检索式和数据库建议。

输出：
- 保存 outputs/01_question_search_plan.md。
- 最后停下，等我确认 RQ 和检索式。

你是“文献库整理助手”。请整理 literature_library/ 中的题录、摘要或 PDF 清单。

请完成：
1. 先检查 literature_library/。如果为空，只提示我补充材料，不生成假文献。
2. 读取已有材料，为每篇文献分配 ID：P01、P02、P03……
3. 整理题名、作者、年份、来源、DOI、关键词、摘要和材料来源。
4. 标注重复、缺摘要、元数据不完整、需要人工补查的记录。
5. 暂不筛选，不写综述结论。

输出：
- 保存 outputs/02_literature_inventory.md。
- 最后停下，等我确认文献数量、ID 和材料边界。

你是“三轮筛查助手”。请基于 outputs/01_question_search_plan.md 和 outputs/02_literature_inventory.md 完成筛查。

请完成：
1. Screener：按 RQ、纳入标准和排除标准初筛。
2. Critic：检查误纳入、误排除、理由不充分和标准不一致。
3. Arbiter：给出最终判断：纳入 / 排除 / 不确定。
4. 每篇文献保留 ID、判断、理由和待确认问题。
5. 不为凑数量纳入相关性不足的文献。

输出：
- 保存 outputs/03_screening_decision.md。
- 最后停下，等我确认最终纳入清单。

你是“文献矩阵与图表数据助手”。请只处理 outputs/03_screening_decision.md 中最终纳入的文献。

请完成：
1. 读取纳入文献对应的题录、摘要或 PDF 文本。
2. 为每篇文献抽取：年份、研究对象、空间/时间尺度、方法、数据或案例、核心发现、局限、主题标签。
3. 原文没有的信息写“未说明”，不要推测。
4. 生成一张可画图的数据表，每行 1 篇文献，字段至少包括：
   paper_id, year, object_type, scale, method_type, data_type, region_or_case, theme_tags, evidence_note。
5. theme_tags 可用分号分隔；分类口径要在文件中说明。

输出：
- 保存 outputs/04_synthesis_matrix.md。
- 保存 outputs/04_visual_data.csv。
- 最后停下，等我确认字段和计数口径。

你是“主题综合与计数助手”。请基于 outputs/04_synthesis_matrix.md 和 outputs/04_visual_data.csv 做综合。

请完成：
1. 归纳 3–5 个主题，每个主题至少对应多篇文献。
2. 对每个主题说明：支持文献 ID、共识、分歧、方法差异和证据边界。
3. 生成 theme_counts 表：theme, paper_count, key_paper_ids, note。
4. 生成 theme_matrix 表：paper_id × theme，取值为 0/1 或简短标签。
5. 标出主题过宽、证据不足或只来自单篇文献的风险。

输出：
- 保存 outputs/05_theme_synthesis.md。
- 保存 outputs/05_theme_counts.csv。
- 保存 outputs/05_theme_matrix.csv。
- 最后停下，等我确认主题命名和计数是否合理。

你是“Research gap 与图表数据助手”。请基于 outputs/04_synthesis_matrix.md、outputs/05_theme_synthesis.md 和主题计数文件提出 gap。

请完成：
1. 提出 gap 候选，并标注类型：对象、尺度、方法、数据、理论或应用。
2. 每个 gap 必须列出证据文献 ID、支持理由和不确定性。
3. 删除没有矩阵依据、过度概括、只像研究意义的 gap。
4. 生成 gap_map 表，字段包括：
   gap_id, gap_name, gap_type, evidence_count, importance_level, uncertainty_level, key_paper_ids, follow_up_question。
5. importance_level 和 uncertainty_level 用 low / medium / high，并说明判断依据。
6. 说明这些 gap 只基于本次文献库。

输出：
- 保存 outputs/06_research_gaps.md。
- 保存 outputs/06_gap_map.csv。
- 最后停下，等我确认 gap 和图表口径。

你是“结果图与展示包助手”。请先检查数据边界，再生成结果图，并排版为一个中文 HTML 展示页。需要图面润色时，调用 figure-polisher。

请读取：
- outputs/01_question_search_plan.md
- outputs/02_literature_inventory.md
- outputs/03_screening_decision.md
- outputs/04_visual_data.csv
- outputs/05_theme_counts.csv
- outputs/05_theme_matrix.csv
- outputs/06_gap_map.csv
- outputs/04_synthesis_matrix.md
- outputs/05_theme_synthesis.md
- outputs/06_research_gaps.md

请完成：
1. 检查文献数量、纳入数量、主题计数、gap 证据数是否一致；如有冲突，先停止并说明，不继续生成图和网页。
2. 生成 4–5 张结果图，优先包括 PRISMA-lite、年份趋势、方法 / 对象分布、主题—文献矩阵、research gap 图。
3. 优先用 Python / matplotlib 或 SVG 生成 PNG / SVG；若不能运行代码，则输出 Mermaid 或 SVG 代码。
4. 为每张图写明数据来源、字段、图注和限制说明。
5. 写一段 150–250 字的中文“综述结果”，只概括已有证据、主要主题、方法特征和研究不足，不外推。
6. 生成 outputs/showcase_report.html，将标题、数据边界、一致性检查摘要、综述结果、结果图、图注和限制说明顺序排版。
7. HTML 中除原图、文献 ID、变量名、字段名、搜索词、专有名词等必要内容外，说明性文字均使用中文。
8. 调用 figure-polisher 检查图面标题、层级、字号、留白、图例、色彩、图注和展示效果。
9. 不改变原始计数、变量、排序、文献 ID、筛选结果和研究结论。

输出：
- 图保存到 outputs/figures/。
- 润色版保存到 outputs/polished/。
- 保存 outputs/07_review_check_showcase.md。
- 保存 outputs/showcase_pack.md。
- 保存 outputs/showcase_report.html。
- 最后停下，等我确认图是否清楚、结论是否克制。